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判定親生關系的理論依據是孟德爾遺傳的分離律。按照這一規律,在配子細胞形成時,成對的等位基因彼此分離,分別進入各自的配子細胞。精、卵細胞受精形成子代,孩子的兩個基因組一個來自母親,一個來自父親;因此同對的等位基因也就是一個來自母親,一個來自父親。鑒定結果如果符合該規律,則不排除親生關系,若不符合,則排除親生關系(變異情況除外)。在大多數的情況下,母、子關系是已知的,要求鑒定假設父和孩子是否親生關系。
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